グループごとに給与計算を行うことは可能ですか？

はい、できます。
部門や部署ごとのグループを作成しておくことで、グループごとに給与計算を行うことができます。

給与計算グループ機能を利用するには以下の手順で設定を行う必要があります。

1. 給与計算グループ機能にチェックを入れ、有効にします。
   トップページ＞管理者メニュー＞システム機能設定＞システム機能設定
   
   
2. 任意の給与グループを追加します。
   トップページ＞管理者メニュー＞マスタ管理＞給与グループマスタ
   
   
3. 社員毎に、所属する給与グループを設定します。
   トップページ＞人事管理＞社員管理＞詳細＞「給与(賞与)計算のグループ」

※1.は機能設定管理マネージャ、2.はマスタ管理マネージャ、3.は人事マネージャ権限が必要です。